Μελέτη αναδίπλωσης του αντιμικροβιακού πεπτιδίου VG16KRKP (Bachelor thesis)

Εφραιμίδης, Ευάγγελος - Ορφέας

Ο τομέας της Μοριακής Δυναμικής (Molecular Dynamics) αποτελεί πλέον ένα ευρέως διαδεδομένο εργαλείο ανάλυσης της δομής αλλά και της διαδικασίας αναδίπλωσης των βιομορίων. Στην παρούσα εργασία χρησιμοποιούνται δύο προσομοιώσεις Μοριακής Δυναμικής του πεπτιδίου VG16KRKP βασισμένες στα δυναμικά πεδία AMBER-14SB & AMBER99SB-STAR-ILDN και τα αποτελέσματα των πειραμάτων Πυρηνικού Μαγνητικού Συντονισμού (NMR) (Bhunia & Datta, 2016) προκειμένου να μελετηθεί η δομή και να πραγματοποιηθεί σύγκριση των τροχιακών με τη φυσική πραγματικότητα. Η αλληλουχία του πεπτιδίου είναι VARGWKRKCPLFGKGG. Για την παραπάνω μελέτη, έγιναν αναλύσεις των τροχιακών των προσομοιώσεων εστιασμένες τόσο στη δευτεροταγή όσο και στην τριτοταγή διαμόρφωση του πεπτιδίου. Οι τεχνικές που εφαρμόστηκαν περιλαμβάνουν τον υπολογισμό RMSD, τη χρήση του αλγόριθμου STRIDE για τον εντοπισμό δευτεροταγών δομών, την ανάλυση PCA δίεδρων γωνιών και τη σύγκριση των NOEs μεταξύ προσομοιώσεων και πειραμάτων NMR.
Institution and School/Department of submitter: Δημοκρίτειο Πανεπιστήμιο Θράκης. Σχολή Επιστημών Υγείας. Τμήμα Μοριακής Βιολογίας και Γενετικής
Subject classification: Peptide antibiotics
Keywords: Folding,Molecular dynamics,Peptides,Αναδίπλωση,Μοριακή δυναμική,Πεπτίδια
URI: https://repo.lib.duth.gr/jspui/handle/123456789/17208
http://dx.doi.org/10.26257/heal.duth.15942
Appears in Collections:ΤΜΗΜΑ ΜΟΡΙΑΚΗΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ & ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
EfremidisEO_2020.pdfΠτυχιακή εργασία1.89 MBAdobe PDFView/Open


 Please use this identifier to cite or link to this item:
https://repo.lib.duth.gr/jspui/handle/123456789/17208
http://dx.doi.org/10.26257/heal.duth.15942
  This item is a favorite for 0 people.

This item is licensed under a Creative Commons License Creative Commons